Il y a très longtemps, deux métropoles rivales se livrent une bataille sans merci : Zanarkand et Bevelle, les deux villes les plus puissantes de Spira.
Les dirigeants menaçaient la guerre à l'aide de machines et d'armes plus sophistiquées les unes que les autres. Ce fut Bevelle qui remporta cette bataille, écrasant par les machines les Invokeurs de Zanarkand.
Un nouvel ordre naquit, les Priants, qui étaient autrefois de grands Invokeurs et seraient à présent les sauveurs de ce monde, les Invokeurs devant faire appel à leurs pouvoirs pour "collectionner" des chimères et pouvoir acquérir la Chimère Ultime.
En effet, selon le dogme instauré par l'Église de Yevon(Yevon était,à l'origine, le souverain de Zanarkand), les Invokeurs les plus dévoués seraient capables de restaurer la paix.
Cependant, Spira n'ayant pas encore racheté toutes ses fautes, Sin serait amené à réapparaître toutes les décennies. Ainsi, les Invokeurs, seuls espoirs du peuple, sont amenés à faire durer la paix pendant une période de dix ans en vainquant Sin et en mourant pour ce faire...
Seules quelques personnes survécurent à la destruction de Zanarkand, dont un jeune homme, Tidus. Ce dernier, champion de Blitzball (le sport le plus apprécié de Spira), de l'équipe des Zanarkand Abes, fut absorbé dans un vortex spatio-temporel créé par Sin.
Notre héros fait alors un bond de mille ans dans le futur. Il apprendra plus tard qu'il n'est qu'un rêve des priants.
Il voudra donc découvrir les raisons de sa présence dans ce monde ainsi que le moyen de retourner dans sa cité(but qu'il abandonnera dès la forêt de Macalania).
Il fera en premier lieu la connaissance des Al Bheds, une peuple vivant hors de la société en raison de son attachement aux machines et son refus de se plier aux règles de Yevon.
Tidus sera ensuite accompagné de Yuna, un Invokeur chargée de vaincre Sin, et de Kimhari, un Ronso, fidèle gardien de cette dernière. Wakka, joueur de Blitzball mais aussi protecteur de Yuna, Lulu, magicienne noire gardienne de Yuna, et Rikku, une Al Bhede voleuse experte en association d'objets, intégreront également l'équipe. Enfin, n'oublions pas Auron, un ami de Jecht, le père de Tidus...
